Das Kiesbett der Linder erstreckt sich auf über 10 km Länge und ist ein Teil der insgesamt 26,6 km langen Griese im Naturpark.

Diese Wildbach-Umlagerungsstrecken der Haupttäler dienen als riesige „Geschiebe-Stauseen“, die große Wassermengen speichern können und verlangsamt abfließen lassen sowie größere Geschiebestöße schadlos aufnehmen. Die Griese sind damit nicht nur eine deutschlandweite Besonderheit, sondern vor allem für den Landschaftshaushalt und Gefahrenschutz von größter Bedeutung.

Die Lebenswelt der Griese ist reich an seltenen und biogeographisch isolierten Spezialisten wie kiesbankbewohnende Spinnen, Laufkäfern, Heuschrecken und Vögeln. Im Elmau- und Lindergries wurden sieben Gewässerwirbellose der Roten Listen Deutschlands und Bayerns gefunden.

Nachdem die Linder in ihrem Flussbett versickert ist, fliest sie streckenweise unterirdisch und kommt dann im Weidmoos als Ammer wieder zu Tage.

Im Ettaler Weidmoos tritt das versickerte Wasser der Linder wieder zu Tage und trägt ab hier den Namen Ammer.

Das Kalkflachmoor mit Übergangskomplexen und kleinen Hochmoorinseln ist vor allem wegen seiner Wasserverhältnisse eine Besonderheit unter den bayerischen Mooren. An den Quelltrichtern der Ammerquellen sind Moor- und Auenstandorte eng verzahnt. Die einzelnen Quellen vereinen sich schon bald zu zwei stattlichen Bächen. Der eine davon wurde in geradem Lauf in südöstlicher Richtung durch das Weidmoos geführt, er fließt mit Hilfe eines Dükers unter der Ammer hindurch und betreibt als Ettaler Mühlbach das Wasserrad (und heute eine Turbine) der Ettaler Mühle. In Höhe der Kapellenwand fließt er von rechts in die Ammer. Der andere schlängelt sich in nördlicher Richtung durch das Weidmoos und mündet etwa in Höhe der Bärenhöhle von links in die Ammer.

Zwischen Ober- und Unterammergau durchfliest die Ammer das Pulvermoos. Das 131 ha große Naturschutzgebiet wurde ursprünglich immer wieder von der Ammer überflutet und hat auch heute noch als Retentionsraum bei Hochwasser eine wichtige Schutzfunktion.

Zusammen mit dem Ettaler Weidmoos ist das Pulvermoos eines der artenreichsten und größten Flachmoorkomplexe Bayerns.

Für den Artenschutz sind besonders die Vorkommen des gelb blühenden Karlszepters, eine große Population des zarten Wollgrases und weitere Eiszeitrelikte wie die Strauch-Birke, die Fadenwurzelige Segge und die Blaue Heckenkirsche von Bedeutung.

Die heimische Landwirtschaft erhält durch die Mahd der Streuwiesen die Vielfalt dieses Moorkomplexes.

Die Ammer wird entlang ihres Laufs aus zahlreichen Zuflüssen gespeist:

Der Kühalpenbach entwässert den gesamten Kuhalmkessel südlich von Graswang, der von den Gebirgskämmen zwischen Kieneckspitz bis zum Windstierlkopf im Westen, von dort bis zum Brünstelkopf im Süden und schließlich zur Notkarspitze im Südosten und Osten umschlossen wird.

Die Klamm oberhalb von Unterammergau wird von der Schleifmühlenlaine durchflossen, welche aus den Bächen von Pürschling, Teufelstättkopf und Schartenköpfel gespeist wird. Der Bach bildet in der 500 m langen Klamm mehrere Gumpen und Wasserfälle.

Die Halbammer entsteht aus dem Zusammenfluss von Weißenbach und Bayerbach im Ammergebirge und fliest nördlich von Altenau in die Ammer.

Im Bereich der Altenauer Ammerschleifen bildet der Fluss ein für ihn typisches Fliesbild: den Mäander. Bei geringem Gefälle schlängelt sich die Ammer durch die Landschaft. Mit diesem natürlichen Fliesverhalten kann der Fluss nach jedem Hochwasser seinen Lauf etwas verändern und dadurch neue Lebensräume schaffen und andere zerstören.

Ein Vogel, der besonders auf diese Wildflussdynamik angewiesen ist, ist der Flussuferläufer. Da dieser Vogel bei uns vom Aussterben bedroht ist und er an der Ammer letzte Rückzugs- und Brutplätze findet, stehen während der Brutzeit einige Abschnitte der Ammer unter besonderem Schutz und dürfen nicht betreten werden.

Vor ca. 120.000 Jahren, während der Jungmoränenzeit, suchte sich die Ammer nach dem Verlassen der Alpen ihren Weg in Richtung Norden.

Zwischen Altenau und Peißenberg bildete sich dabei eine großartige Ammerschlucht. Der Fluss schaffte hier, ungefähr 15 km von der Quelle entfernt, diesen beeindruckenden Felsdurchbruch, die Scheibum.

Die Scheibum besteht aus Mergel- und Sandstein. Die verschiedenen Gesteinsschichten, die während der Alpenauffältung vor ca. 25-30 Millionen Jahren entstanden, sind hier als natürlicher Kalkstein, als Lehm, als weißer und grauer Quarz sowie als Schiefer sehr gut zu sehen.

Die Scheibum ist ebenso Teil des Meditationsweges und gilt als Ruhe- und Kraftort, an dem man die Seele baumeln lassen kann und gleichzeitig die Natur von ihrer schönsten Seite erlebt. Hier treffen silbrige Felswände auf türkisgrünes Wasser, ein Ort um innezuhalten, der Natur zu lauschen und die eigene Wahrnehmung zu schärfen.

Der „Grand Canyon“ der Region durchsägt als einzigartiger Naturaufschluss die gesamte Schichtenfolge der subalpinen Molasse. Die längste naturnahe Durchbruchsstrecke Bayerns und Deutschlands mit ihren rötlichen Nagelfluh- und Sandsteinwänden, die sich in der Scheibum auf 9 m nähern, sind eine „Wallfahrtsstätte der Tertiärgeologen“. An den dynamischen Rutschhängen, Steilwänden, kalktuffbildenden Hangquellen und wilden Schluchtwäldern gedeihen dealpin geprägte extrazonale Vegetationstypen mit spezifischer Reliktflora.

Bei Hochwasser steigen die dann unheimlich tosenden Wassermassen in der Schlucht sehr hoch an. Die Abflussdrosselung durch die Talverengungen bewahrt (zusammen mit der „Naturpolderfunktion“ der Ammertalmoore) das dicht besiedelte untere Ammertal, das Klärwerk von Weilheim etc. vor noch schlimmeren Hochwasserschäden.