Die Waldvielfalt reicht vom torfbildenden Erlenbruchwald der Moräne und anmoorigen Grauerlen-Fichten-Bruchwald im Flysch über teilweise forstlich wenig beeinflusste Bergmischwälder bis zum xerothermen Karbonat-Kiefernwald an den west- und südseitigen Steilhängen des Kienecks und Kofels, sowie den subalpinen Fichtenwäldern in den Kammlagen. Zusammen mit der Südabdachung des Ammergebirges, die außerhalb des Naturparks liegt, umfasst das Kreuzspitz-Kienjoch-Not-Massiv eines der drei wichtigsten Erhaltungszentren für naturnahe Buchen-Fichten-Tannenwälder in den Bayerischen Alpen.

Absolute Seltenheiten in Bayern stellen thermophile Sommerlinden-Mischwälder dar. Ihre Vorkommen in den Bayerischen Alpen und ihre dortige Zusammensetzung sind bisher noch sehr unzureichend erforscht. Die inselartig am Klammspitzzug in die o. g. Gesellschaften eingestreuten Bestände des bisher vorrangig nur aus der Schwäbischen und Fränkischen Alb bekannten und beschriebenen Ahorn-Lindenwaldes, bilden die Schwerpunktvorkommen in den Bayerischen Alpen.