Zahlreiche Orchideenarten, Lungenenzian, Moorenzian und die Prachtnelke sind nur einige Vertreter der Flora im Naturpark Ammergauer Alpen Eine der größten Besonderheiten ist das gelb blühende Karlszepter, das an Standorten wie Moorwiesen und feuchten Wegrändern wächst und hier im Naturpark sein größten Vorkommen in Deutschland hat. Das mehrjährige Karlszepter, auch Moorkönig oder König-Karls-Läusekraut genannt, gehört zur Gattung der Läusekräuter aus der Familie der Braunwurzgewächse. Es wurde nach dem schwedischen König Karl XII. benannt. Die Flächen mit Vorkommen des Karlszepters dürfen erst ab Ende September/Oktober durch die heimischen Landwirte gemäht werden, wodurch die hohe Artenvielfalt gesichert wird. In Deutschland steht das Karlszepter unter strengem Naturschutz.

Eine der Flächen mit Vorkommen des Karlszepters im Naturpark ist das Ettaler Weidmoos zwischen Oberammergau, Ettaler Mühle und den kleinen Ammerquellen. Das Kalkflachmoor mit Übergangskomplexen und kleinen Hochmoorinseln ist vor allem wegen seiner Wasserverhältnisse eine Besonderheit unter den bayerischen Mooren. An den Quelltrichtern der Ammerquellen sind Moor- und Auenstandorte eng verzahnt. Die einzelnen Quellen vereinen sich schon bald zu zwei stattlichen Bächen. Entstanden ist das Weidmoos durch Verlandung eines nach der Eiszeit hier gelegenen Schmelzwassersees. Das 159 ha große Moorgebiet wurde 1982 unter Naturschutz gestellt.